Masalah dari pemekaran wilayah di tingkat kabupaten adalah mengenai sengketa batas wilayah desa/kelurahan. Sengketa batas wilayah merupakan sengketa yang timbul akibat tidak ada atau tidak jelasnya batas antara dua wilayah yang memiliki pemerintahan yang berbeda. Salah satunya adalah sengketa batas wilayah antara Desa Petleng Kecamatan Alor Tengah Utara dengan Kelurahan Welai Timur Kecamatan Teluk Mutiara Kabupaten Alor. Penelitian ini bertujuan mengetahui peran Pemerintah Daerah dalam penyelesaian sengeketa dan untuk mengetahui faktor penghambat Pemerintah Daerah dalam penyelesaian sengketa batas antara kedua wilayah ini. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah penelitian hukum empiris dengan menggunakan pendekatan hukum progresif.Hasil penelitian menunjukan peran pemerintah daerah dalam penyelesaian sengekata batas wilayah antara Desa Petleng dengan Kelurahan Welai Timur, sudah cukup baik dengan terlaksanan rapat fasilitasi, mediasi dan penyelesaian oleh Bupati. Faktor-faktor yang menghambat penyelesaian sengketa batas wilayah yakni kurangnya dokumen penunjang penyelesaian, ketidaksehatian dari masyarakat, dan pencatatan tanah disekitar lokasi sengketa yang tidak jelas sehingga sampai saat ini penyelesaian sengketa ini masih belum terselesaikan. Saran dalam penulisan ini adalah pemerintah daerah dapat menggunakan pendekatan hukum progresif untuk penyelesaian seperti pencarian kebijakan yang menguntungkan masyrakat, perubahan kominkasi dari top up ke botoom up, pelibatan unsur budaya dan agama serta pelibatan unsur akademis. Sehingga sengketa ini dapat terselesaikan.