Manajemen pesantren pada hakikatnya merupakan salah satu strstegi dalam pembaharuan pesantren dalam bidang ekonomi yaitu sebagai suatu kegiatan yang dimaksudkan untuk memampukan dan memandirikan masyarakat pesantren. Dalam hal ini yaitu untuk meningkatkan kemampuan masyarakat pesantren melalui keterlibatan pada berbagai program pembangunan pesantren terutama dalam pengelolaan ekonomi serta memberikan kewenangan kepada masyarakat pesantren secara proporsional dalam pengambilan keputusan. Tujuan penelitian ini adalah untuk memberdayakan ketahanan ekonomi masyarakat, pesantren memiliki peran yang strategis dengan segala keunikan serta sumber daya yang dimilikinya, pesantren dapat menjadi jalan dalam memajukan perekonomian masyarakat. Harapannya, supaya masyarakat menjadi sejahtera melalui manajemen ekonomi pesantren dalam pemberdayaan perekonomian berbasis pesantren. Penelitian ini menggunakan metode kualitatatif. Pendekatan dengan metode ini dipilih karena peneliti menganggap sangat cocok dengan karakteristik masalah  yang menjadi fokus penelitian, dengan objek penelitian dipondok pesantren dengan melakukan observasi dan wawancara kepada pihak yang bersangkutan. Hasil penelitian ini adalah Pondok Pesantren Manba’ul Huda memiliki banyak sumber daya ekonomi yaitu : Digital Printing. Blkk Menjahit, Ternak Kambing, dan Air Minum Dalam Kemasan. Dalam mengelola sumber daya ekonomi tersebut, pondok pesantren melakukan fungsi-fungsi manajemen, diantaranya: Perencanaan, Pengorganisasian, Pelaksanaan, Pengawasan dan evaluasi.